A Akatsuki é uma organização formada por nukenins (ninjas fugitivos) vindos de várias vilas ninja do mundo de Naruto. Apesar de não ter aparecido na série desde o início, o grupo logo tomou o lugar de Orochimaru como principal antagonista logo no início de Naruto: Shippuuden, apresentando alguns dos personagens mais populares entre os fãs. Os primeiros membros da Akatsuki a aparecer foram Uchiha Itachi, o irmão mais velho de Uchiha Sasuke, e Hoshigaki Kisame, um ex-membro dos Sete Espadachins da Névoa. Os dois procuravam por Uzumaki Naruto, visando capturar o jinchuuriki e, consequentemente, a Kyuubi no Youko. Após esse episódio, a rede de espionagem de Jiraya informa que a Akatsuki era uma organização formada por dez ninjas listados como rank-S no Bingo Book (ou seja, muito perigosos), e que o grupo estava perseguindo e capturando os bijuus e jinchuurikis do mundo ninja. Foi justamente para ensinar Naruto a se defender contra eles que o sennin levou o garoto como seu estudante no final da primeira fase da série. O líder do grupo se chama Pain (literalmente "dor" em Inglês), e possui o terceiro grande doujutsu além do Sharingan e o Byakugan: o Rin'negan. Apesar de ser a pessoa quem dá as ordens para os outros membros, Pain parece responder a Tobi, que diz ser Uchiha Madara, o antigo patriarca do Clã Uchiha que lutou contra o Shodai Hokage. É em Naruto: Shippuuden que a dimensão dos poderes da Akatsuki é verdadeiramente revelada, junto com a identidade de seus membros e seu real objetivo.